CpG11
Gene Symbol | Tlr9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Name | toll-like receptor 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonym(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Number | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele | CpG11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped | Yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 106.125-106.129 Mb (+) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | MISSENSE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (Sense Strand) |
T to C at 106126917 bp | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Serine changed to Proline | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequences |
S358P in Ensembl: ENSMUSP00000082207 (fasta)
S359P in NCBI: NP_112455.2 (fasta)
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
![]()
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign PolyPhen 2 Score 0.000 (Sensitivity: 1.00; Specificity: 0.00) ![]() (Using Ensembl: ENSMUSP00000082207) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Category | TLR signaling defect- TNF production by macrophages | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Penetrance | unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alleles Listed at MGI |
All alleles(9) : Targeted, knock-out(1) Gene trapped(1) Chemically induced(7) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lab Alleles | UTSW: CpG1, CpG2, CpG3, CpG5, CpG6, CpG7, Meager | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mode of Inheritance | Autosomal Semidominant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Local Stock | Sperm, gDNA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Repository |
MMRRC: 034329-JAX |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Updated | 09/23/2011 6:15 PM by Diantha La Vine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Created | 04/20/2010 11:48 AM by Hua Huang | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Posted | 04/29/2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Description |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Nature of Mutation |
![]() 1166 CTCCACCTGGCAAGTTCCTTTAAGAACCTGGTG
353 -L--H--L--A--S--S--F--K--N--L--V-
The mutated nucleotide is indicated in red lettering, and results in a serine to proline substitution at amino acid 359 of the TLR9 protein.
Please see the record for CpG1 for more information about Tlr9.
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Prediction |
The extracellular domains of TLRs contain multiple leucine rich repeats (LRRs) that mediate ligand recognition by TLRs. TLR9 has 27 LRRs in its ectodomain. The CpG11 mutation is located in the predicted eleventh leucine rich repeat (LRR) of the TLR9 ectodomain (Figure 2). |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Mechanism |
Based on the 3D structures of TLR1, TLR2 (1), TLR3 (2-4), and other LRR-containing proteins (5), the serine mutated in CpG11 is predicted to lie in the surface-exposed α-helical second leucine-rich sequence of the affected LRR, at a position thought to permit occupancy by any amino acid, but adjacent to an invariant phenylalanine. The CpG11 phenotype indicates that a proline at this position fails to support normal function of TLR9. The mutation may disrupt ligand binding, receptor dimerization, or destroy proper folding or localization of the receptor. |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genotyping |
CpG11 genotyping is performed by amplifying the region containing the mutation using PCR, followed by sequencing of the amplified region to detect the single nucleotide insertion.
Primers
CpG11 (F): 5’- CATGGACGGGAACTGCTACTACAAG -3’
CpG11(R): 5’-ATGAAGTTCTTAGAAGCAGGGGTGC -3’
PCR program
1) 95°C 2:00
2) 95°C 0:30
3) 56°C 0:30
4) 72°C 1:00
5) repeat steps (2-4) 29X
6) 72°C 7:00
7) 4°C ∞
Primers for sequencing
CpG11_seq(F): 5’- TGAGCAATCTCACCCATCTG -3’
CpG11_seq(R): 5’- GACAACAGCTCCTCCTGCTC -3’
The following sequence of 885 nucleotides (from Genbank genomic region NC_000075 for linear genomic sequence of Tlr9, sense strand) is amplified:
1433 catggacg
1441 ggaactgcta ctacaagaac ccctgcacag gagcggtgaa ggtgacccca ggcgccctcc
1501 tgggcctgag caatctcacc catctgtctc tgaagtataa caacctcaca aaggtgcccc
1561 gccaactgcc ccccagcctg gagtacctcc tggtgtccta taacctcatt gtcaagctgg
1621 ggcctgaaga cctggccaat ctgacctccc ttcgagtact tgatgtgggt gggaattgcc
1681 gtcgctgtga ccatgccccc aatccctgta tagaatgtgg ccaaaagtcc ctccacctgc
1741 accctgagac cttccatcac ctgagccatc tggaaggcct ggtgctgaag gacagctctc
1801 tccatacact gaactcttcc tggttccaag gtctggtcaa cctctcggtg ctggacctaa
1861 gcgagaactt tctctatgaa agcatcaccc acaccaatgc ctttcagaac ctaacccgcc
1921 tgcgcaagct caacctgtcc ttcaattacc gcaagaaggt atcctttgcc cgcctccacc
1981 tggcaagttc ctttaagaac ctggtgtcac tgcaggagct gaacatgaac ggcatcttct
2041 tccgcttgct caacaagtac acgctcagat ggctggccga tctgcccaaa ctccacactc
2101 tgcatcttca aatgaacttc atcaaccagg cacagctcag catctttggt accttccgag
2161 cccttcgctt tgtggacttg tcagacaatc gcatcagtgg gccttcaacg ctgtcagaag
2221 ccacccctga agaggcagat gatgcagagc aggaggagct gttgtctgcg gatcctcacc
2281 cagctccgct gagcacccct gcttctaaga acttcat
Primer binding sites are underlined; sequencing primer binding sites are highlighted in gray; the mutated T is indicated in red.
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Science Writers | Eva Marie Y. Moresco | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustrators | Diantha La Vine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Authors |
Hua Huang, Bruce Beutler |